反滲透和超濾設備核心部件都是膜元件。主要區別有三點：

(1) 反滲透膜的孔徑只有超濾膜的1/100，因此反滲透凈水器能去除水中重金屬、農藥、三氯甲烷等化學污染物，超濾凈水器對此則是無能為力的;而超濾凈水器能去除的顆粒污染物及細菌，反滲透全能去除。

(2)出水水質和衛生部門的檢測標準不同，舉個例子，出水細菌指標，超濾凈水器按“一般水質處理器”，菌落總數為100個/毫升;而反滲透凈水器為20個/毫升，要嚴格得多，當然反滲透凈水器出水水質也要比超濾凈水器好得多。

(3)反滲透凈水設備是分質供水，純水供飲用，濃水供洗滌用;而超濾凈水器一般用作洗滌用水;當自來水水質很好時也可用作飲用水